Digitala Vetenskapliga Arkivet

Driftstörningar
Det förekommer återkommande driftstörningar på några av sök-portalerna på grund av hög belastning. Vi arbetar på att lösa problemet, ni kan tillfälligt mötas av ett felmeddelande.
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
RepeatsDB in 2025: expanding annotations of structured tandem repeats proteins on AlphaFoldDB
Department of Biomedical Sciences, University of Padova, Padova, Italy.
KTH, Skolan för kemi, bioteknologi och hälsa (CBH), Proteinvetenskap, Proteinteknologi.ORCID-id: 0000-0001-5668-768X
Department of Biomedical Sciences, University of Padova, Padova, Italy.
Department of Biomedical Sciences, University of Padova, Padova, Italy.
Visa övriga samt affilieringar
2025 (Engelska)Ingår i: Nucleic Acids Research, ISSN 0305-1048, E-ISSN 1362-4962, Vol. 53, nr D1, s. D575-D581Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

RepeatsDB (URL: https://repeatsdb.org) stands as a key resource for the classification and annotation of Structured Tandem Repeat Proteins (STRPs), incorporating data from both the Protein Data Bank (PDB) and AlphaFoldDB. This latest release features substantial advancements, including annotations for over 34 000 unique protein sequences from >2000 organisms, representing a fifteenfold increase in coverage. Leveraging state-of-the-art structural alignment tools, RepeatsDB now offers faster and more precise detection of STRPs across both experimental and predicted structures. Key improvements also include a redesigned user interface and enhanced web server, providing an intuitive browsing experience with improved data searchability and accessibility. A new statistics page allows users to explore database metrics based on repeat classifications, while API enhancements support scalability to manage the growing volume of data. These advancements not only refine the understanding of STRPs but also streamline annotation processes, further strengthening RepeatsDB’s role in advancing our understanding of STRP functions.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
Oxford University Press (OUP) , 2025. Vol. 53, nr D1, s. D575-D581
Nationell ämneskategori
Datavetenskap (datalogi)
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:kth:diva-385848DOI: 10.1093/nar/gkae965ISI: 001345838300001PubMedID: 39475178Scopus ID: 2-s2.0-85211995276OAI: oai:DiVA.org:kth-385848DiVA, id: diva2:2087422
Anmärkning

QC 20260720

Tillgänglig från: 2026-07-20 Skapad: 2026-07-20 Senast uppdaterad: 2026-07-20Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

Fulltext saknas i DiVA

Övriga länkar

Förlagets fulltextPubMedScopus

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Arrías, Paula NazarenaKajava, Andrey V.Tosatto, Silvio C.E.Monzon, Alexander Miguel
Av organisationen
Proteinteknologi
I samma tidskrift
Nucleic Acids Research
Datavetenskap (datalogi)

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar

doi
pubmed
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
pubmed
urn-nbn
Totalt: 14 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf