Digitala Vetenskapliga Arkivet

Driftstörningar
Det förekommer återkommande driftstörningar på några av sök-portalerna på grund av hög belastning. Vi arbetar på att lösa problemet, ni kan tillfälligt mötas av ett felmeddelande.
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Statistical methods in medical image estimation and sparse signal recovery
Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Institutionen för matematik och matematisk statistik.
2018 (Engelska)Doktorsavhandling, sammanläggning (Övrigt vetenskapligt)
Abstract [en]

This thesis presents work on methods for the estimation of computed tomography (CT) images from magnetic resonance (MR) images for a number of diagnostic and therapeutic workflows. The study also demonstrates sparse signal recovery method, which is an intermediate method for magnetic resonance image reconstruction. The thesis consists of four articles. The first three articles are concerned with developing statistical methods for the estimation of CT images from MR images. We formulated spatial and non-spatial models for CT image estimation from MR images, where the spatial models include hidden Markov model (HMM) and hidden Markov random field model (HMRF) while the non-spatial models incorporate Gaussian mixture model (GMM) and skewed-Gaussian mixture model (SGMM). The statistical models are estimated via a maximum likelihood approach using the EM-algorithm in GMM and SGMM, the EM gradient algorithm in HMRF and the Baum–Welch algorithm in HMM. We have also examined CT image estimation using GMM and supervised statistical learning methods. The performance of the models is evaluated using cross-validation on real data. Comparing CT image estimation performance of the models, we have observed that GMM combined with supervised statistical learning method has the best performance, especially on bone tissues. The fourth article deals with a sparse modeling in signal recovery. Using spike and slab priors on the signal, we formulated a sparse signal recovery problem and developed an adaptive algorithm for sparse signal recovery. The developed algorithm has better performance than the recent iterative convex refinement (ICR) algorithm. The methods introduced in this work are contributions to the lattice process and signal processing literature. The results are an input for the research on replacing CT images by synthetic or pseudo-CT images, and for an efficient way of recovering sparse signal.

Abstract [sv]

Denna avhandling presenterar arbete kring metoder för skattning av datortomografibilder (CT) från magnetiska resonanstomografibilder (MR) för ett antal diagnostiska och terapeutiska arbetsflöden. Studien demonstrerar även en metod för gles signalrekonstruktion, vilket är en mellanliggande metod för rekonstruktion av MR-bilder. Avhandlingen består av fyra artiklar. De tre första artiklarna handlar om att utveckla statistiska metoder för uppskattning av CT-bilder från MR-bilder. Här formuleras rumsliga och icke-rumsliga modeller för skattning av CT-bilder från MR-bilder, där de rumsliga modellerna inkluderar dolda Markov-modeller (HMM) och dolda Markov-slumpfältmodeller (HMRF), medan de icke-rumsliga modellerna består av Gaussiska mix-modeller (GMM) och skeva Gaussiska mixmodeller (SGMM). De statistiska modellerna skattas via en maximum-likelihoodansats, där EM-algoritmen används för GMM och SGMM, EM-gradientalgoritmen för HMRF samt Baum-Welch-algoritmen för HMM. Vi har även undersökt CTbildskattning med hjälp av GMM och övervakade statistiska inlärningsmetoder. Modellernas prestanda har utvärderats med hjälp av korsvalidering på faktiska data. Genom att jämföra prestandan hos modellernas CT-bildskattningar har vi observerat att GMM kombinerat med övervakad statistisk inlärning har den bästa prestandan, i synnerhet ifråga om benvävnad. Den fjärde artikeln behandlar en gles modellering inom signalrekonstruktion. Med hjälp av så kallade ”spike and slab priors” för signalen formulerade vi ett glest signalrekonstruktionsproblem och utvecklade en adaptiv algoritm för gles signalrekonstruktion. Den utvecklade algoritmen har bättre prestanda än den nyligen föreslagna iterativ konvex förfining (ICR)-algoritmen. De metoder som introducerats i detta arbete är bidrag till litteraturen inom så kallade ”lattice-processer” och signalbehandling. Resultaten levererar ett bidrag till forskningen kring ersättandet av CT-bilder med syntetiska eller pseudo-CTbilder, samt till effektiv gles signalrekonstruktion.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
Umeå: Umeå University , 2018. , s. 59
Serie
Research report in mathematical statistics, ISSN 1653-0829 ; 63
Nyckelord [en]
Computed tomography, magnetic resonance imaging, Gaussian mixture model, skew-Gaussian mixture model, hidden Markov random field, hidden Markov model, supervised statistical learning, synthetic CT images, pseudo-CT images, spike and slab prior, adaptive algorithm
Nationell ämneskategori
Sannolikhetsteori och statistik Radiologi och bildbehandling
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:umu:diva-147751ISBN: 978-91-7601-890-3 (digital)OAI: oai:DiVA.org:umu-147751DiVA, id: diva2:1206407
Disputation
2018-06-08, MA121, MIT-building, Umeå, 13:00 (Engelska)
Opponent
Handledare
Tillgänglig från: 2018-05-18 Skapad: 2018-05-16 Senast uppdaterad: 2024-07-02Bibliografiskt granskad
Delarbeten
1. Comparison of hidden Markov chain models and hidden Markov random field models in estimation of computed tomography images
Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Comparison of hidden Markov chain models and hidden Markov random field models in estimation of computed tomography images
Visa övriga...
2017 (Engelska)Manuskript (preprint) (Övrigt vetenskapligt)
Abstract [en]

There is an interest to replace computed tomography (CT) images withmagnetic resonance (MR) images for a number of diagnostic and therapeuticworkflows. In this article, predicting CT images from a number of magnetic resonance imaging (MRI) sequences using regression approach isexplored. Two principal areas of application for estimated CT images aredose calculations in MRI based radiotherapy treatment planning and attenuationcorrection for positron emission tomography (PET)/MRI. Themain purpose of this work is to investigate the performance of hidden Markov (chain) models (HMMs) in comparison to hidden Markov random field (HMRF) models when predicting CT images of head. Ourstudy shows that HMMs have clear advantages over HMRF models in this particular application. Obtained results suggest that HMMs deservea further study for investigating their potential in modeling applications where the most natural theoretical choice would be the class of HMRFmodels.

Förlag
s. 17
Nyckelord
computed tomography, magnetic resonance imaging, pseudo-CT, hidden Markov model, hidden Markov random field, unsupervised modeling, radiotherapy, attenuation correction
Nationell ämneskategori
Sannolikhetsteori och statistik Medicinsk bildvetenskap
Forskningsämne
matematisk statistik
Identifikatorer
urn:nbn:se:umu:diva-141547 (URN)
Projekt
Statistical modelling and intelligent data sampling in MRI and PET measurements for cancer therapy assessment
Forskningsfinansiär
Vetenskapsrådet, 340-2013-5342
Tillgänglig från: 2017-11-07 Skapad: 2017-11-07 Senast uppdaterad: 2025-02-09
2. Model-based Estimation of Computed Tomography Images
Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Model-based Estimation of Computed Tomography Images
2017 (Engelska)Manuskript (preprint) (Övrigt vetenskapligt)
Abstract [en]

There is a growing interest to get a fully MR based radiotherapy. The most important development needed is to obtain improved bone tissue estimation. Existing model-based methods have performed poorly on bone tissues. This paper aims to obtainimproved estimation of bone tissues. Skew-Gaussian mixture model (SGMM) isproposed to further investigate CT image estimation from MR images. The estimation quality of the proposed model is evaluated using leave-one-out cross-validation method on real data. In comparison with the existing model-based approaches, the approach utilized in this paper outperforms in estimation of bone tissues, especiallyon dense bone tissues.

Förlag
s. 17
Nyckelord
computed tomography; magnetic resonance imaging; CT image estimation; model-based estimation; skew-normal mixture model
Nationell ämneskategori
Sannolikhetsteori och statistik Medicinsk bildvetenskap
Forskningsämne
matematisk statistik
Identifikatorer
urn:nbn:se:umu:diva-141546 (URN)
Projekt
Statistical modelling and intelligent data sampling in MRI and PET measurements for cancer therapy assessment
Forskningsfinansiär
Vetenskapsrådet, 340-2013-5342
Tillgänglig från: 2017-11-07 Skapad: 2017-11-07 Senast uppdaterad: 2025-02-09
3. Computed Tomography Image Estimation by Statistical Learning Methods
Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Computed Tomography Image Estimation by Statistical Learning Methods
(Engelska)Manuskript (preprint) (Övrigt vetenskapligt)
Abstract [en]

There is increasing interest in computed tomography (CT) image estimations from magnetic resonance (MR) images. The estimated CT images canbe utilised for attenuation correction, patient positioning, and dose planningin diagnostic and radiotherapy workflows. This study presents a statisticallearning method for CT image estimation. We have used predefined tissuetype information in a Gaussian mixture model to explore the estimation.The performance of our method was evaluated using cross-validation on realdata. In comparison with the existing model-based CT image estimationmethods, the proposed method has improved the estimation, particularly inbone tissues. Evaluation of our method shows that it is a promising methodto generate CT image substitutes for the implementation of fully MR-basedradiotherapy and PET/MRI applications.

Nyckelord
Computed tomography, magnetic resonance imaging, CT image estimation, pseudo-CT image, supervised learning, Gaussian mixture model
Nationell ämneskategori
Sannolikhetsteori och statistik Radiologi och bildbehandling
Identifikatorer
urn:nbn:se:umu:diva-147720 (URN)
Tillgänglig från: 2018-05-15 Skapad: 2018-05-15 Senast uppdaterad: 2023-09-14
4. Adaptive algorithm for sparse signal recovery
Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Adaptive algorithm for sparse signal recovery
2019 (Engelska)Ingår i: Digital signal processing (Print), ISSN 1051-2004, E-ISSN 1095-4333, Vol. 87, s. 16s. 10-18Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

The development of compressive sensing in recent years has given much attention to sparse signal recovery. In sparse signal recovery, spike and slab priors are playing a key role in inducing sparsity. The use of such priors, however, results in non-convex and mixed integer programming problems. Most of the existing algorithms to solve non-convex and mixed integer programming problems involve either simplifying assumptions, relaxations or high computational expenses. In this paper, we propose a new adaptive alternating direction method of multipliers (AADMM) algorithm to directly solve the suggested non-convex and mixed integer programming problem. The algorithm is based on the one-to-one mapping property of the support and non-zero element of the signal. At each step of the algorithm, we update the support by either adding an index to it or removing an index from it and use the alternating direction method of multipliers to recover the signal corresponding to the updated support. Moreover, as opposed to the competing “adaptive sparsity matching pursuit” and “alternating direction method of multipliers” methods our algorithm can solve non-convex problems directly. Experiments on synthetic data and real-world images demonstrated that the proposed AADMM algorithm provides superior performance and is computationally cheaper than the recently developed iterative convex refinement (ICR) and adaptive matching pursuit (AMP) algorithms.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
Elsevier, 2019. s. 16
Nyckelord
sparsity, adaptive algorithm, sparse signal recovery, spike and slab priors
Nationell ämneskategori
Sannolikhetsteori och statistik Signalbehandling Medicinsk bildvetenskap
Forskningsämne
matematisk statistik; signalbehandling
Identifikatorer
urn:nbn:se:umu:diva-146386 (URN)10.1016/j.dsp.2019.01.002 (DOI)000461266700002 ()2-s2.0-85060542792 (Scopus ID)
Projekt
Statistical modelling and intelligent data sampling in MRI and PET measurements for cancer therapy assessment
Forskningsfinansiär
Vetenskapsrådet, 340-2013-534
Anmärkning

Originally included in thesis in manuscript form

Tillgänglig från: 2018-04-07 Skapad: 2018-04-07 Senast uppdaterad: 2025-02-09Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(1138 kB)1459 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT02.pdfFilstorlek 1138 kBChecksumma SHA-512
26d7e0b915296d8e76e403eab15d0fa3f6903457313947f8a71f53151e2c231dc8d02ceea0774e44cb6e3d88b25cd9545a2d35dd840291e350da49a31718ab94
Typ fulltextMimetyp application/pdf
spikblad(62 kB)155 nedladdningar
Filinformation
Filnamn SPIKBLAD01.pdfFilstorlek 62 kBChecksumma SHA-512
cd8006edcc8430d91f177b8967d3893b8c15167436b64db88da1f89ae93c4f57466ed9ec3cc64a32f84fc992b576b74ad48a18f2b948b05652d45cb20b9e1d4c
Typ spikbladMimetyp application/pdf

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Bayisa, Fekadu Lemessa
Av organisationen
Institutionen för matematik och matematisk statistik
Sannolikhetsteori och statistikRadiologi och bildbehandling

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 1468 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

isbn
urn-nbn

Altmetricpoäng

isbn
urn-nbn
Totalt: 1366 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf