Ändra sökning
Avgränsa sökresultatet
1 - 10 av 10
RefereraExporteraLänk till träfflistan
Permanent länk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Träffar per sida
  • 5
  • 10
  • 20
  • 50
  • 100
  • 250
Sortering
  • Standard (Relevans)
  • Författare A-Ö
  • Författare Ö-A
  • Titel A-Ö
  • Titel Ö-A
  • Publikationstyp A-Ö
  • Publikationstyp Ö-A
  • Äldst först
  • Nyast först
  • Skapad (Äldst först)
  • Skapad (Nyast först)
  • Senast uppdaterad (Äldst först)
  • Senast uppdaterad (Nyast först)
  • Disputationsdatum (tidigaste först)
  • Disputationsdatum (senaste först)
  • Standard (Relevans)
  • Författare A-Ö
  • Författare Ö-A
  • Titel A-Ö
  • Titel Ö-A
  • Publikationstyp A-Ö
  • Publikationstyp Ö-A
  • Äldst först
  • Nyast först
  • Skapad (Äldst först)
  • Skapad (Nyast först)
  • Senast uppdaterad (Äldst först)
  • Senast uppdaterad (Nyast först)
  • Disputationsdatum (tidigaste först)
  • Disputationsdatum (senaste först)
Markera
Maxantalet träffar du kan exportera från sökgränssnittet är 250. Vid större uttag använd dig av utsökningar.
  • 1.
    Klar, Joakim
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Sobol, Maria
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Melberg, Atle
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för neurovetenskap, Neurologi.
    Mäbert, Katrin
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Ameur, Adam
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Johansson, Anna C V
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Feuk, Lars
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Genomik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Entesarian, Miriam
    Örlén, Hanna
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Casar-Borota, Olivera
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Molekylär och morfologisk patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Dahl, Niklas
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Welander Distal Myopathy Caused by an Ancient Founder Mutation in TIA1 Associated with Perturbed Splicing.2013Ingår i: Human Mutation, ISSN 1059-7794, E-ISSN 1098-1004, Vol. 34, nr 4, s. 572-577Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Welander distal myopathy (WDM) is an adult onset autosomal dominant disorder characterized by distal limb weakness which progresses slowly from the fifth decade. All WDM patients are of Swedish or Finnish descent and share a rare chromosome 2p13 haplotype. We restricted the WDM associated haplotype followed by whole exome sequencing. Within the conserved haplotype we identified a single heterozygous mutation c.1150G>A (p.E384K) in TIA1 in all WDM patients investigated (n = 43). The TIA1 protein regulates splicing and translation through direct interaction with mRNA and the p.E384K mutation is located in the C-terminal Q-rich domain that interacts with the U1-C splicing factor. TIA1 has been shown to prevent skipping of SMN2 exon 7 and we show that WDM patients have increased levels of spliced SMN2 in skeletal muscle cells when compared to controls. Immunostaining of WDM muscle biopsies showed accumulation of TIA1 and stress granulae proteins adjacent to intracellular inclusions, a typical finding in WDM. The combined findings strongly suggest that the TIA1 mutation causes perturbed RNA splicing and cellular stress resulting in WDM. The selection against the mutation is likely to be negligible and the age of the TIA1 founder mutation was calculated to approximately 1050 years, which coincides with the epoch of early seafaring across the Baltic Sea.

  • 2.
    Laan, Loora
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Klar, Joakim
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik.
    Sobol, Maria
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik.
    Hoeber, Jan
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik.
    Shahsavan, Mansoureh
    Department of Neuroscience, Karolinska Institutet, Stockholm, Sweden.
    Kele, Malin
    Department of Neuroscience, Karolinska Institutet, Stockholm, Sweden.
    Fatima, Ambrin
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Zakaria, Muhammad
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Annerén, Göran
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik.
    Falk, Anna
    Department of Neuroscience, Karolinska Institutet, Stockholm, Sweden.
    Schuster, Jens
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik.
    Dahl, Niklas
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik.
    DNA methylation changes in Down syndrome derived neural iPSCs uncover co-dysregulation of ZNF and HOX3 families of transcription factors2020Ingår i: Clinical Epigenetics, E-ISSN 1868-7083, Vol. 12, artikel-id 9Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Background: Down syndrome (DS) is characterized by neurodevelopmental abnormalities caused by partial or complete trisomy of human chromosome 21 (T21). Analysis of Down syndrome brain specimens has shown global epigenetic and transcriptional changes but their interplay during early neurogenesis remains largely unknown. We differentiated induced pluripotent stem cells (iPSCs) established from two DS patients with complete T21 and matched euploid donors into two distinct neural stages corresponding to early- and mid-gestational ages.

    Results: Using the Illumina Infinium 450K array, we assessed the DNA methylation pattern of known CpG regions and promoters across the genome in trisomic neural iPSC derivatives, and we identified a total of 500 stably and differentially methylated CpGs that were annotated to CpG islands of 151 genes. The genes were enriched within the DNA binding category, uncovering 37 factors of importance for transcriptional regulation and chromatin structure. In particular, we observed regional epigenetic changes of the transcription factor genes ZNF69, ZNF700 and ZNF763 as well as the HOXA3, HOXB3 and HOXD3 genes. A similar clustering of differential methylation was found in the CpG islands of the HIST1 genes suggesting effects on chromatin remodeling.

    Conclusions: The study shows that early established differential methylation in neural iPSC derivatives with T21 are associated with a set of genes relevant for DS brain development, providing a novel framework for further studies on epigenetic changes and transcriptional dysregulation during T21 neurogenesis.

  • 3.
    Pijuan-Galito, Sara
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi.
    Tamm, Christoffer
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi.
    Schuster, Jens
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Sobol, Maria
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Forsberg, Lars A.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Merry, Catherine L. R.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi. Univ Nottingham, Wolfson Ctr Stem Cells, Stem Cell Glycobiol Grp, Tissue Engn & Modelling Room A59, Nottingham NG7 2RD, England.
    Annerén, Cecilia
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi. GE Healthcare Biosci AB, Bjorkgatan 30, S-75184 Uppsala, Sweden.
    Human serum-derived protein removes the need for coating in defined human pluripotent stem cell culture2016Ingår i: Nature Communications, ISSN 2041-1723, E-ISSN 2041-1723, Vol. 7, artikel-id 12170Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Reliable, scalable and time-efficient culture methods are required to fully realize the clinical and industrial applications of human pluripotent stem (hPS) cells. Here we present a completely defined, xeno-free medium that supports long-term propagation of hPS cells on uncoated tissue culture plastic. The medium consists of the Essential 8 (E8) formulation supplemented with inter-alpha-inhibitor (I alpha I), a human serum-derived protein, recently demonstrated to activate key pluripotency pathways in mouse PS cells. IaI efficiently induces attachment and long-term growth of both embryonic and induced hPS cell lines when added as a soluble protein to the medium at seeding. IaI supplementation efficiently supports adaptation of feeder-dependent hPS cells to xeno-free conditions, clonal growth as well as single-cell survival in the absence of Rho-associated kinase inhibitor (ROCKi). This time-efficient and simplified culture method paves the way for large-scale, high-throughput hPS cell culture, and will be valuable for both basic research and commercial applications.

  • 4.
    Schuster, Jens
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Fatima, Ambrin
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Sobol, Maria
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Noraddin, Feria Hikmet
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Klinisk och experimentell patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Laan, Loora
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Dahl, Niklas
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Generation of three human induced pluripotent stem cell (iPSC) lines from three patients with Dravet syndrome carrying distinct SCN1A gene mutations2019Ingår i: Stem Cell Research, ISSN 1873-5061, E-ISSN 1876-7753, Vol. 39, artikel-id 101523Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Dravet syndrome (DS) is a childhood epilepsy syndrome caused by heterozygous mutations in the SCN1A gene encoding voltage-gated sodium channel Nav1.1. We generated iPSCs from fibroblasts of three DS patients carrying distinct SCN1A mutations (c.5502-5509dupGCTTGAAC, c.2965G>C and c.651C>G). The iPSC lines were genetically stable and each line retained the SCN1A gene mutation of the donor fibroblasts. Characterization of the iPSC lines confirmed expression of pluripotency markers, absence of exogenous vector expression and trilineage differentiation potential. These iPSC lines offer a useful resource to investigate the molecular mechanisms underlying Nav1.1 haploinsufficiency and for drug development to improve treatment of DS patients.

  • 5.
    Schuster, Jens
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik.
    Halvardson, Jonatan
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik.
    Lorenzo, Laureanne Pilar
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik.
    Ameur, Adam
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi.
    Sobol, Maria
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik.
    Raykova, Doroteya
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik.
    Annerén, Göran
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik.
    Feuk, Lars
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik.
    Dahl, Niklas
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik.
    Transcriptome Profiling Reveals Degree of Variability in Induced Pluripotent Stem Cell Lines: Impact for Human Disease Modeling2015Ingår i: Cellular Reprogramming, ISSN 2152-4971, E-ISSN 2152-4998, Vol. 17, nr 5, s. 327-337Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Induced pluripotent stem cell (iPSC) technology has become an important tool for disease modeling. Insufficient data on the variability among iPSC lines derived from a single somatic parental cell line have in practice led to generation and analysis of several, usually three, iPSC sister lines from each parental cell line. We established iPSC lines from a human fibroblast line (HDF-K1) and used transcriptome sequencing to investigate the variation among three sister lines (iPSC-K1A, B, and C). For comparison, we analyzed the transcriptome of an iPSC line (iPSC-K5B) derived from a different fibroblast line (HDF-K5), a human embryonic stem cell (ESC) line (ESC-HS181), as well as the two parental fibroblast lines. All iPSC lines fulfilled stringent criteria for pluripotency. In an unbiased cluster analysis, all stem cell lines (four iPSCs and one ESC) clustered together as opposed to the parental fibroblasts. The transcriptome profiles of the three iPSC sister lines were indistinguishable from each other, and functional pathway analysis did not reveal any significant hits. In contrast, the expression profiles of the ESC line and the iPSC-K5B line were distinct from that of the sister lines iPSC-K1A, B, and C. Differentiation to embryoid bodies and subsequent analysis of germ layer markers in the five stem cell clones confirmed that the distribution of their expression profiles was retained. Taken together, our observations stress the importance of using iPSCs of different parental origin rather than several sister iPSC lines to distinguish disease-associated mechanisms from genetic background effects in disease modeling.

  • 6.
    Schuster, Jens
    et al.
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik.
    Laan, Loora
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Klar, Joakim
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik.
    Jin, Zhe
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för neurovetenskap, Birnir: Molekylär fysiologi och neurovetenskap.
    Huss, Mikael
    Stockholm Univ, Dept Biochem & Biophys, Sci Life Lab, Wallenberg Long Term Bioinformat Support, Stockholm, Sweden.
    Korol, Sergiy
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för neurovetenskap, Birnir: Molekylär fysiologi och neurovetenskap.
    Noraddin, Feria Hikmet
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Klinisk och experimentell patologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Sobol, Maria
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik.
    Birnir, Bryndis
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för neurovetenskap, Birnir: Molekylär fysiologi och neurovetenskap.
    Dahl, Niklas
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik.
    Transcriptomes of Dravet syndrome iPSC derived GABAergic cells reveal dysregulated pathways for chromatin remodeling and neurodevelopment2019Ingår i: Neurobiology of Disease, ISSN 0969-9961, E-ISSN 1095-953X, Vol. 132, artikel-id 104583Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Dravet syndrome (DS) is an early onset refractory epilepsy typically caused by de novo heterozygous variants in SCN1A encoding the a-subunit of the neuronal sodium channel Na(v)1.1. The syndrome is characterized by age related progression of seizures, cognitive decline and movement disorders. We hypothesized that the distinct neurodevelopmental features in DS are caused by the disruption of molecular pathways in Na(v)1.1 haploinsufficient cells resulting in perturbed neural differentiation and maturation. Here, we established DS-patient and control induced pluripotent stem cell derived neural progenitor cells (iPSC NPC) and GABAergic interneuronal (iPSC GABA) cells. The DS-patient iPSC GABA cells showed a shift in sodium current activation and a perturbed response to induced oxidative stress. Transcriptome analysis revealed specific dysregulations of genes for chromatin structure, mitotic progression, neural plasticity and excitability in DS-patient iPSC NPCs and DS-patient iPSC GABA cells versus controls. The transcription factors FOXM1 and E2F1, positive regulators of the disrupted pathways for histone modification and cell cycle regulation, were markedly up-regulated in DS-iPSC GABA lines. Our study highlights transcriptional changes and disrupted pathways of chromatin remodeling in Na(v)1.1 haploinsufficient GABAergic cells, providing a molecular framework that overlaps with that of neurodevelopmental disorders and other epilepsies.

  • 7.
    Schuster, Jens
    et al.
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik.
    Sobol, Maria
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik.
    Fatima, Ambrin
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Khalfallah, Ayda
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Laan, Loora
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Anderlid, Britt-Marie
    Karolinska Univ Hosp, Dept Mol Med & Surg, Ctr Mol Med, Stockholm, Sweden;Karolinska Univ Hosp, Dept Clin Genet, Stockholm, Sweden.
    Nordgren, Ann
    Karolinska Univ Hosp, Dept Mol Med & Surg, Ctr Mol Med, Stockholm, Sweden;Karolinska Univ Hosp, Dept Clin Genet, Stockholm, Sweden.
    Dahl, Niklas
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik.
    Mowat-Wilson syndrome: Generation of two human iPS cell lines (UUIGPi004A and UUIGPi005A) from siblings with a truncating ZEB2 gene variant2019Ingår i: Stem Cell Research, ISSN 1873-5061, E-ISSN 1876-7753, Vol. 39, artikel-id 101518Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Mowat-Wilson syndrome (MWS) is a complex developmental syndrome caused by heterozygous mutations in the Zinc finger E-box-binding homeobox 2 gene (ZEB2). We generated the first human iPSC lines from primary fibroblasts of two siblings with MWS carrying a heterozygous ZEB2 stop mutation (c.1027C > T; p.Arg343*) using the Sendai virus reprogramming system. Both iPSC lines were free from reprogramming vector genes, expressed pluripotency markers and showed potential to differentiate into the three germ layers. Genetic analysis confirmed normal karyotypes and a preserved stop mutation. These iPSC lines will provide a useful resource to study altered neural lineage fate and neuropathophysiology in MWS.

  • 8.
    Sobol, Maria
    et al.
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik.
    Klar, Joakim
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik.
    Laan, Loora
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Shahsavani, Mansoureh
    Karolinska Inst Solna, Dept Neurosci, Stockholm, Sweden.
    Schuster, Jens
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik.
    Annerén, Göran
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik.
    Konzer, Anne
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för kemi - BMC, Analytisk kemi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Mi, Jia
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för kemi - BMC, Analytisk kemi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala Univ, Dept Chem BMC Analyt Chem, Box 599, SE-75124 Uppsala, Sweden.
    Bergquist, Jonas
    Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Kemiska sektionen, Institutionen för kemi - BMC, Analytisk kemi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Nordlund, Jessica
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
    Hoeber, Jan
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik.
    Huss, Mikael
    Stockholm Univ, Natl Bioinformat Infrastruct Sweden, Sci Life Lab, Dept Biochem & Biophys, Solna, Sweden.
    Falk, Anna
    Karolinska Inst Solna, Dept Neurosci, Stockholm, Sweden.
    Dahl, Niklas
    Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab. Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik.
    Transcriptome and Proteome Profiling of Neural Induced Pluripotent Stem Cells from Individuals with Down Syndrome Disclose Dynamic Dysregulations of Key Pathways and Cellular Functions2019Ingår i: Molecular Neurobiology, ISSN 0893-7648, E-ISSN 1559-1182, Vol. 56, nr 10, s. 7113-7127Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Down syndrome (DS) or trisomy 21 (T21) is a leading genetic cause of intellectual disability. To gain insights into dynamics of molecular perturbations during neurogenesis in DS, we established a model using induced pluripotent stem cells (iPSC) with transcriptome profiles comparable to that of normal fetal brain development. When applied on iPSCs with T21, transcriptome and proteome signatures at two stages of differentiation revealed strong temporal dynamics of dysregulated genes, proteins and pathways belonging to 11 major functional clusters. DNA replication, synaptic maturation and neuroactive clusters were disturbed at the early differentiation time point accompanied by a skewed transition from the neural progenitor cell stage and reduced cellular growth. With differentiation, growth factor and extracellular matrix, oxidative phosphorylation and glycolysis emerged as major perturbed clusters. Furthermore, we identified a marked dysregulation of a set of genes encoded by chromosome 21 including an early upregulation of the hub gene APP, supporting its role for disturbed neurogenesis, and the transcription factors OLIG1, OLIG2 and RUNX1, consistent with deficient myelination and neuronal differentiation. Taken together, our findings highlight novel sequential and differentiation-dependent dynamics of disturbed functions, pathways and elements in T21 neurogenesis, providing further insights into developmental abnormalities of the DS brain.

  • 9.
    Sobol, Maria
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik.
    Raykova, Doroteya
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik.
    Cavelier, Lucia
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik.
    Khalfallah, Ayda
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik.
    Schuster, Jens
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik.
    Dahl, Niklas
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik.
    Methods of Reprogramming to Induced Pluripotent Stem Cell Associated with Chromosomal Integrity and Delineation of a Chromosome 5q Candidate Region for Growth Advantage2015Ingår i: Stem Cells and Development, ISSN 1547-3287, E-ISSN 1557-8534, Vol. 24, nr 17, s. 2032-2040Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Induced pluripotent stem cells (iPSCs) have brought great promises for disease modeling and cell-based therapies. One concern related to the use of reprogrammed somatic cells is the loss of genomic integrity and chromosome stability, a hallmark for cancer and many other human disorders. We investigated 16 human iPSC lines reprogrammed by nonintegrative Sendai virus (SeV) and another 16 iPSC lines generated by integrative lentivirus for genetic changes. At early passages we detected cytogenetic rearrangements in 44% (7/16) of iPSC lines generated by lentiviral integration whereas the corresponding figure was 6% (1/16) using SeV-based delivery. The rearrangements were numerical and/or structural with chromosomes 5 and 12 as the most frequently involved chromosomes. Three iPSC lines with chromosome 5 aberrations were derived from one and the same donor. We present in this study the aberrant karyotypes including a duplication of chromosome 5q13q33 that restricts a candidate region for growth advantage. Our results suggest that the use of integrative lentivirus confers a higher risk for cytogenetic abnormalities at early passages when compared to SeV-based reprogramming. In combination, our findings expand the knowledge on acquired cytogenetic aberrations in iPSC after reprogramming and during culture.

  • 10.
    Sobol, Maria
    et al.
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik.
    Thuresson, Ann-Charlotte
    Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Medicinsk genetik och genomik.
    Delineation of the critical region for proximal deletion of chromosome 12q2017Ingår i: Molecular Cytogenetics, ISSN 1755-8166, E-ISSN 1755-8166, Vol. 10, nr S1, artikel-id 1.P41Artikel i tidskrift (Övrigt vetenskapligt)
1 - 10 av 10
RefereraExporteraLänk till träfflistan
Permanent länk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf