Change search
ReferencesLink to record
Permanent link

Direct link
Visualiseringsverktyg för data från helgenomsekvensering
KTH, School of Technology and Health (STH).
KTH, School of Technology and Health (STH).
2016 (Swedish)Independent thesis Basic level (degree of Bachelor), 10 credits / 15 HE creditsStudent thesisAlternative title
Visualization tools for data from whole genome sequencing (English)
Abstract [sv]

Helgenomsekvensering genererar enorma mängder komplex data som kan vara svår att analysera. Visualisering av denna data är ett viktigt steg för att underlätta analys. Av speciellt intresse är visualisering av strukturella varianter, variationer i DNA större än 1000 baspar, som tros ligga till grund för flera genetiska sjukdomar. För detta ändamål utvecklades fyra verktyg: ett cirkeldiagram, ett täckningsdiagram, ett karyotypdiagram och en interaktionsvärmekarta. Mjukvaran skrevs i språket Python och utnyttjar ramverket Qt och tillhörande Python-bindningar för dess grafiska användargränssnitt, tillsammans med biblioteket Matplotlib för att plotta vissa grafer. Verktygen innehåller en mängd funktioner och knyter ihop dessa i ett för användaren enkelt gränssnitt, men plats för vidareutveckling finns. En rad förslag till sådan vidareutveckling diskuteras, så som att implementera fler funktioner, integrera verkygen bättre med befintlig mjukvara, och förbättra portabilitet genom nätverksfunktioner.

Abstract [en]

Whole genome sequencing generates enormous amounts of complex data that can be difficult to analyze. Visualization of this data is an important step to facilitate analysis. Of particular interest is visualization of structural variants, variations in DNA greater than 1000 base pairs, some of which are thought to be the cause of genetic disorders. For this purpose four tools were developed: a circle diagram, a coverage diagram, a karyotype diagram and an interaction heatmap. The software was written in Python and utilizes the framework Qt and associated Python-bindings for its graphical user interface, together with the library Matplotlib for some plotting functions. Although the tools feature a variety of functions and tie these together in an easy to use interface, there is still room for development. A number of suggestions for such development is discussed, such as implementing more functions, integrating the tools better with existing software, and improving portability through network functions.

Place, publisher, year, edition, pages
2016. , 18 p.
Series
TRITA-STH, 2016:27
Keyword [sv]
helgenomsekvensering, bioinformatik, visualisering
National Category
Other Medical Engineering
Identifiers
URN: urn:nbn:se:kth:diva-190134OAI: oai:DiVA.org:kth-190134DiVA: diva2:951679
Subject / course
Medical Engineering
Educational program
Master of Science in Engineering - Medical Engineering
Supervisors
Examiners
Available from: 2016-08-09 Created: 2016-08-09 Last updated: 2016-08-09Bibliographically approved

Open Access in DiVA

Rapport Slutversion Gr E Diva(3181 kB)4 downloads
File information
File name FULLTEXT01.pdfFile size 3181 kBChecksum SHA-512
bb33e09182ba7a681895b8750047c9d1f720c093855fde32a232c5d9a3c39b7bd5dc52bd4ef002e8c0b762a945207fb268d93a4c2ff82602e006796a6c319f05
Type fulltextMimetype application/pdf

By organisation
School of Technology and Health (STH)
Other Medical Engineering

Search outside of DiVA

GoogleGoogle Scholar
Total: 4 downloads
The number of downloads is the sum of all downloads of full texts. It may include eg previous versions that are now no longer available

Total: 20 hits
ReferencesLink to record
Permanent link

Direct link