Change search
CiteExportLink to record
Permanent link

Direct link
Cite
Citation style
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Other style
More styles
Language
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Other locale
More languages
Output format
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Utökning av panelför multiplex RT-MLPA av singel celler för prostatacancer diagnostik
KTH, School of Biotechnology (BIO).
2015 (Swedish)Independent thesis Advanced level (degree of Master (Two Years)), 20 credits / 30 HE creditsStudent thesisAlternative title
Expansion of a multiplex RT-MLPA panel for single cell prostate cancer diagnostics (English)
Abstract [en]

The most common cancer form among men i prostate cancer and measurement of circulating tumor cells (CTCs) in the blood is a useful tool to evaluating the responset o treatment and progress of disease. CTC’s are cells that have detached from the original tumor and have spread in the blood sstem. In this master thesis a panel of 16 genes at single cell levels are analyzed using Reverse Transciptase Multiplexed Ligation-dependent Probe Amplification (RT-MLPA). The method uses gene specific reverse transcription primers to generate and amplify cDNA which MLPA probes are hybridized to. Correctly hybridized probes are ligated and amplified so that relative expression profiles can be calculated. One additional MLPA probe was designed to add to the existing panel. The results show that the MLPA reaction generates products from all genes in the panel when performed on synthetic MLPA prbe targets with equal concentrations. Results from totatl RNA on cell lines show that the reverse transcription and amplification of cDNA need further optimizations. When the whole assay is working it will be possible to evaluate gene expression from CTC’s that can help us understand the  progression and spread of prostate cancer in the body.

Abstract [sv]

 

Prostatacancer är den vanligaste cancerformen hos män. Att räkna antal cirkulerade tumörceller (CTCer) i blodet är ett bra verktyg för att undersöka hur sjukdomen fortlöper och hur den svarar på behandling. CTCer är enskilda celler som brutit sig loss från originaltrumören och sprids i kroppen genom blodsystemet. I det här examensarbetet analyseras en panel bestående av 16 gener med hjälp av Reverse Transcriptase Multiplexed Ligation-dependent Probe Amplification (RT-MLPA).  Metoden bygger på att genspecifika primrar används för att syntetisera cDNA från mRNA. MLPA-prober hybridisear sedan till det amplifierade cDNAt. MLPA prober som hybridiserat korrekt ligeras och amplifieras och den relativa uttrycksnivåerna kan beräknas. Ytterligare en MLPA-probe designades för att passa in i den existerande blandningen av MLPA-prober. Resultaten viar att alla MLPA-prober ger produkter då en syntetisk DNA-templat blandning med lika koncentrationer används. Resultaten från total-RNA från cellinjer visar att omvandlingen och amplifieringen av mRNA till cDNA måste optimeras. När hela protokollet fungerar är det möjligt att undersöka genuttrycken i CTCer vilket kan underlätta förståelsen för utveckling och spridning av prostatacancer i kroppen.

Place, publisher, year, edition, pages
2015.
Keyword [en]
Multiplex cancer prostate single cells RNA
National Category
Engineering and Technology
Identifiers
URN: urn:nbn:se:kth:diva-173122OAI: oai:DiVA.org:kth-173122DiVA: diva2:851774
Supervisors
Examiners
Available from: 2015-09-09 Created: 2015-09-07 Last updated: 2015-09-09Bibliographically approved

Open Access in DiVA

fulltext(2274 kB)82 downloads
File information
File name FULLTEXT01.pdfFile size 2274 kBChecksum SHA-512
b85217de8f582cf05ae3984135800586e465094fc1308b30f4b52150ff7e8e67ece91ab4ab4647027a0b4b638a81f6eb73bee83fe43c813dfafb5b548a5740e3
Type fulltextMimetype application/pdf

By organisation
School of Biotechnology (BIO)
Engineering and Technology

Search outside of DiVA

GoogleGoogle Scholar
Total: 82 downloads
The number of downloads is the sum of all downloads of full texts. It may include eg previous versions that are now no longer available

urn-nbn

Altmetric score

urn-nbn
Total: 26 hits
CiteExportLink to record
Permanent link

Direct link
Cite
Citation style
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Other style
More styles
Language
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Other locale
More languages
Output format
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf