Change search
CiteExportLink to record
Permanent link

Direct link
Cite
Citation style
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Other style
More styles
Language
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Other locale
More languages
Output format
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Optimering av realtids-PCR för identifiering och kvantifiering av Humant T-lymfotropt virus
Örebro University, School of Health and Medical Sciences, Örebro University, Sweden.
2013 (Swedish)Independent thesis Basic level (professional degree), 10 credits / 15 HE creditsStudent thesis
Abstract [sv]

Human T-lymfotropt virus (HTLV) är ett C-typ onkovirus som tillhör familjen Retroviridae som huvudsakligen angriper T-lymfocyter och orsakar leukemi och andra autoimmuna sjukdomar. I den nuvarande kliniska diagnostiken används Enzyme-linked immunosorbent assay och ibland vid screeningsmetoden uppträder ospecifika reaktioner. På senare tid har flera metoder baserade på real-tids PCR utvecklats för att bestämma halten av virala genom i patienter. Syftet med denna studie var att sätta upp och optimera en realtids-PCR för detektion av humant T-lymfotropt virus typ-1 och 2. Inför optimering av realtids-PCR extraherades DNA från MT-4 och MO-T cellinjer.  Under optimering av realtids-PCR användes SYBR Green och smältpunktsanalys där flera komponenter bl.a. templat-, primer-, magnesium- koncentrationer samt annealing/elongeringstemperaturen modifierades. Efter avslutad optimering utfördes probetitrering för att specifikt skilja ut HTLV-1 och HTLV-2. Amplifieringsprodukten verifierades med Sangersekvensering. För att hitta den lämpligaste metoden för extrahering av DNA från helblod testades olika extraheringsmetoder för DNA-preparering. Efter färdig optimering såg PCR-programmet ut enligt följande: 95ºC i 3 min följt av 45 cykler med 95ºC i 3s och 60ºC i 10s. De optimala koncentrationerna av de olika reagenserna var 0,5µM HTV-F5, 0,7µM HTV-R4, 0,2µM HTLV-P1 och 0,1µM HTLV-P2.  Den optimala extraktionsmetoden från helblod visades vara med MagNA Pure Compact med 500µL helblod. Den färdig optimerade PCR-metoden är en semi-kvanitativ metod som fungerar väl för detektion av HTLV 1 och 2, men vidareutveckling av metoden krävs innan den kan tas i bruk för klinisk diagnostik. 

Place, publisher, year, edition, pages
2013. , 30 p.
Keyword [sv]
HTLV-1, HTLV-2, realtids-PCR, optimering, DNA-extraktionsmetoder.
National Category
Biomedical Laboratory Science/Technology
Identifiers
URN: urn:nbn:se:oru:diva-30038OAI: oai:DiVA.org:oru-30038DiVA: diva2:637597
Subject / course
Biomedicinsk laboratorievetenskap
Presentation
2013-05-24, Fakultetsg. 1, Örebro universitet, Örebro, 14:22 (Swedish)
Supervisors
Examiners
Available from: 2013-10-04 Created: 2013-07-19 Last updated: 2017-10-17Bibliographically approved

Open Access in DiVA

Optimering av realtids-PCR för identifiering och kvantifiering av Humant T-lymfotropt virus(669 kB)2349 downloads
File information
File name FULLTEXT01.pdfFile size 669 kBChecksum SHA-512
773c404a18af8bbecc5f3c0b65438398d1fbd42872eaf31df78997b18ec536d4fdacefee4090d665fb12c7277b078cc2095df162ca58d1f22db826252337d2f2
Type fulltextMimetype application/pdf

Search in DiVA

By author/editor
Sarwari, Wahida
By organisation
School of Health and Medical Sciences, Örebro University, Sweden
Biomedical Laboratory Science/Technology

Search outside of DiVA

GoogleGoogle Scholar
Total: 2349 downloads
The number of downloads is the sum of all downloads of full texts. It may include eg previous versions that are now no longer available

urn-nbn

Altmetric score

urn-nbn
Total: 374 hits
CiteExportLink to record
Permanent link

Direct link
Cite
Citation style
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Other style
More styles
Language
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Other locale
More languages
Output format
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf