Change search
CiteExportLink to record
Permanent link

Direct link
Cite
Citation style
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Other style
More styles
Language
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Other locale
More languages
Output format
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
En studie för att kontrollera känsligheten av primers för lake (Lota lota), lax (Salmo salar) och öring (Salmo trutta)
Karlstad University, Faculty of Health, Science and Technology (starting 2013), Department of Environmental and Life Sciences (from 2013).
2018 (Swedish)Independent thesis Basic level (degree of Bachelor), 10 credits / 15 HE creditsStudent thesisAlternative title
A study to control the sensitivity of primers for burbot (Lota lota), salmon (Salmo salar) and brown trout (Salmo trutta) (English)
Abstract [en]

eDNA is a fast and popular method to collect information about species presence in the environment. eDNA is DNA that is collected from environmental samples, such as water, from DNA that is expelled from organisms interacting with their environment. eDNA is an effective way to find species with small populations and alien species. There are two ways to analyze eDNA, with high-throughput DNA sequencing methods and DNA metabarcoding or use of species-specific primers and PCR. In this study, we focus on the latter, designing species-specific primers for Burbot, Brown trout, and Atlantic Salmon, testing their validity in detecting eDNA of these species with functional PCR. We also evaluated eDNA collection methods, testing different scenarios in aquarium tanks with different number of dead and alive fishes. Primers and experimental setup such as use of different temperatures of the PCR reaction used in this study didn’t result in a functional PCR as determined by electrophoresis gel. There are some problems with the design of the PCR methods for eDNA since the purpose is to design methods that can identify certain species. However, future development of eDNA methods will probably include sequencing and not detection of PCR product sizes. eDNA methods will complete traditional trapping methods like net and electrofishing, but not replace them.

Abstract [sv]

eDNA är en snabb och populär metod för att samla information om arters abundans i miljön. eDNA är DNA taget från miljö prover, så som vatten, från DNA som frigörs från organismer som intrigerar med deras miljön. eDNA är ett effektivt sätt att hitta arter med små populationer och främmande arter. De finns två olika sätt att analysera eDNA, med DNA-sekvenseringsmetoder med hög genomströmning och DNA-metabarkodning eller användning av artspecifika primrar och PCR. I denna studie fokuserade vi på den senare, designade artspecifika primers för lake, lax och öring, testa deras validitet vid detektering av eDNA hos dessa arter med funktionell PCR. Vi utvärderade också eDNA-insamlingsmetoder, testa olika scenarier i akvarietankar med olika antal döda och levande fiskar. Primers och experimentell uppställning, såsom användning av olika temperaturer för PCR-reaktionen som användes i denna studie, resulterade inte i en funktionell PCR såsom bestämd av elektroforesgel. Det finns några problem med utformningen av PCR-metoderna för eDNA, eftersom syftet är att utforma metoder som kan identifiera vissa arter. Emellertid kommer framtida utveckling av eDNA-metoder troligtvis att inkludera sekvensering och inte detektering av PCR-produktstorlekar. eDNA-metoder kommer att komplettera traditionella fångstmetoder som nät- och elektrofiske, men inte ersätta dem.

Place, publisher, year, edition, pages
2018. , p. 10
Keywords [en]
DNA extraction, DNA replication, Ecology and environmental sciences, Extraction techniques, Genetics, Marine and aquatic sciences, Polymerase chain reaction, Research and analysis methods
National Category
Natural Sciences
Identifiers
URN: urn:nbn:se:kau:diva-67611OAI: oai:DiVA.org:kau-67611DiVA, id: diva2:1217855
Subject / course
Biology
Educational program
Biology programme, 180 hp
Supervisors
Examiners
Available from: 2018-07-06 Created: 2018-06-13 Last updated: 2018-07-06Bibliographically approved

Open Access in DiVA

fulltext(580 kB)8 downloads
File information
File name FULLTEXT01.pdfFile size 580 kBChecksum SHA-512
0c76572894262541cf068ce52df3f25907f72af19d769af809b61ec03d1930aa56e6242e05c0a194d20e111ddea435d198874df19c0e2ad640396307a13b0258
Type fulltextMimetype application/pdf

By organisation
Department of Environmental and Life Sciences (from 2013)
Natural Sciences

Search outside of DiVA

GoogleGoogle Scholar
Total: 8 downloads
The number of downloads is the sum of all downloads of full texts. It may include eg previous versions that are now no longer available

urn-nbn

Altmetric score

urn-nbn
Total: 35 hits
CiteExportLink to record
Permanent link

Direct link
Cite
Citation style
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Other style
More styles
Language
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Other locale
More languages
Output format
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf