Change search
CiteExportLink to record
Permanent link

Direct link
Cite
Citation style
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Other style
More styles
Language
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Other locale
More languages
Output format
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Kloning och expression av arsR från Ideonella dechloratans
Karlstad University, Faculty of Health, Science and Technology (starting 2013).
2017 (Swedish)Independent thesis Basic level (degree of Bachelor), 10 credits / 15 HE creditsStudent thesisAlternative title
Cloning and expression of arsR from Ideonella dechloratans (English)
Abstract [sv]

Klorat som avfallsprodukt från pappersindustrin har lett till miljöproblem på grund av klorats toxiska verkan på växter och alger, och har även lett till bekymmer för människohälsan där klorat avfallet har kommit i kontakt med dricksvatten. För att åtgärda detta så har mycket forskning gjorts på bakterier med förmågan att reducera klorat till syrgas och kloridjoner, en anaerob process som vissa naturligt förekommande bakterier kan utföra. Med ökad kunskap om regleringen av denna kloratreducerande process, kan dessa bakterier utgöra en effektiv reningsprocess av pappersbrukens avloppsvatten.  Ideonella dechloratans är en sådan bakterie, den har ett genkluster som kodar för de kloratreducerande enzymerna. Nedströms för dessa finns en arsR-sekvens som tros att koda för en transkriptionsfaktor; och ytterligare information om denna transkriptionsfaktor kan möjligen bidra till förståelse av genuttrycket hos den kloratreducerande funktionen. Syftet med detta arbete är att transformera expressionsceller med förmågan att uttrycka arsR, så framtida försök kan göras för att identifiera potentiella bindningssäten för ArsR-proteinet. arsR-sekvensen amplifierades med primrar specifika för ändarna hos arsR, sekvensen ligerades i en pET-21a(+) vektor från Novagen och transformerades med BL21 (DE3) expressionsceller. Med en IPTG inducering kunde ett stort uttryck av olösligt ArsR observeras. Komplikationer med resultatet och framtida tillvägagångsätt diskuteras.

Abstract [en]

Chlorate as a waste product from the paper industry has caused environmental problems due its toxic effect on plants and algae and is also a concern for human health where chlorate has contaminated the tap water supplies. To address this issue, a great deal of research has been carried out on naturally occurring bacteria that can anaerobically reduce chlorate to oxygen and chloride ions. With additional knowledge of how this chlorate-reducing process is regulated, these bacteria may one day provide an effective purification process of wastewater from paper mills. Ideonella dechloratans is such a bacterium that has a gene cluster which encodes the chlorate-reducing enzymes. Downstream of this cluster is an arsR-sequence believed to encode a transcription factor, which could aid in the understanding of the gene expression for the chlorate-reducing operon. The goal of this research is to transform expression cells with the ability to express the arsR-sequence so that future trials can be made to identify any potential binding sites for the ArsR-protein. The arsR-sequence was amplified with primers specific to the ends of the arsR-sequence. The sequence was then ligated into a pET-21a(+) vector from Novagen and transformed with BL21 (DE3) expression cells. By IPTG inducing these transformants it was possible to observe a significant expression of insoluble ArsR. Complications with the outcome and future approaches are discussed.

Place, publisher, year, edition, pages
2017. , p. 30
Keywords [en]
arsR, ideonella dechloratans
Keywords [sv]
arsR, ideonella dechloratans
National Category
Biochemistry and Molecular Biology
Identifiers
URN: urn:nbn:se:kau:diva-65364OAI: oai:DiVA.org:kau-65364DiVA, id: diva2:1165631
Subject / course
Chemistry
Educational program
Bioscience Programme: Biotechnology (180 ECTS credits)
Supervisors
Examiners
Available from: 2017-12-13 Created: 2017-12-13 Last updated: 2017-12-13Bibliographically approved

Open Access in DiVA

Kloning och expression av arsR från Ideonella dechloratans(2278 kB)25 downloads
File information
File name FULLTEXT01.pdfFile size 2278 kBChecksum SHA-512
ba649e152103318a9fd00ed6cec2e273c1fee5ae9d0f7eb0836fb2a57cf535d06cbe097e5c568574ea479aad76dbddc288931eae0bc4640387b943c2765fe242
Type fulltextMimetype application/pdf

By organisation
Faculty of Health, Science and Technology (starting 2013)
Biochemistry and Molecular Biology

Search outside of DiVA

GoogleGoogle Scholar
Total: 25 downloads
The number of downloads is the sum of all downloads of full texts. It may include eg previous versions that are now no longer available

urn-nbn

Altmetric score

urn-nbn
Total: 165 hits
CiteExportLink to record
Permanent link

Direct link
Cite
Citation style
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Other style
More styles
Language
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Other locale
More languages
Output format
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf