Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Gromacs: High performance molecular simulations through multi-level parallelism from laptops to supercomputers
KTH, Skolan för teknikvetenskap (SCI), Teoretisk fysik, Beräkningsbiofysik. KTH, Centra, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.ORCID-id: 0000-0001-6363-2521
KTH, Centra, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.ORCID-id: 0000-0003-0603-5514
Visa övriga samt affilieringar
2015 (Engelska)Ingår i: SoftwareX, ISSN 2352-7110, Vol. 1-2, 19-25 s.Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Resurstyp
Text
Abstract [en]

GROMACS is one of the most widely used open-source and free software codes in chemistry, used primarily for dynamical simulations of biomolecules. It provides a rich set of calculation types, preparation and analysis tools. Several advanced techniques for free-energy calculations are supported. In version 5, it reaches new performance heights, through several new and enhanced parallelization algorithms. These work on every level; SIMD registers inside cores, multithreading, heterogeneous CPU-GPU acceleration, state-of-the-art 3D domain decomposition, and ensemble-level parallelization through built-in replica exchange and the separate Copernicus framework. The latest best-in-class compressed trajectory storage format is supported.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
Elsevier, 2015. Vol. 1-2, 19-25 s.
Nyckelord [en]
Free energy, Gpu, Molecular dynamics, Simd
Nationell ämneskategori
Bioinformatik (beräkningsbiologi)
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:kth:diva-181194DOI: 10.1016/j.softx.2015.06.001Scopus ID: 2-s2.0-84946416234OAI: oai:DiVA.org:kth-181194DiVA: diva2:900163
Anmärkning

Funding Details: 258980, ERC, European Research Council

QC 20160203

Tillgänglig från: 2016-02-03 Skapad: 2016-01-29 Senast uppdaterad: 2016-11-23Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

Fulltext saknas

Övriga länkar

Förlagets fulltextScopus

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Abraham, Mark JamesPáll, SzilárdHess, BerkLindahl, Erik
Av organisationen
BeräkningsbiofysikScience for Life Laboratory, SciLifeLab
Bioinformatik (beräkningsbiologi)

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar

Altmetricpoäng

Totalt: 204 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf