Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Characterization of functional methylomes by next-generation capture sequencing identifies novel disease-associated variants
Visa övriga samt affilieringar
2015 (Engelska)Ingår i: Nature Communications, ISSN 2041-1723, E-ISSN 2041-1723, Vol. 6, artikel-id 7211Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

Most genome-wide methylation studies (EWAS) of multifactorial disease traits use targeted arrays or enrichment methodologies preferentially covering CpG-dense regions, to characterize sufficiently large samples. To overcome this limitation, we present here a new customizable, cost-effective approach, methylC-capture sequencing (MCC-Seq), for sequencing functional methylomes, while simultaneously providing genetic variation information. To illustrate MCC-Seq, we use whole-genome bisulfite sequencing on adipose tissue (AT) samples and public databases to design AT-specific panels. We establish its efficiency for high-density interrogation of methylome variability by systematic comparisons with other approaches and demonstrate its applicability by identifying novel methylation variation within enhancers strongly correlated to plasma triglyceride and HDL-cholesterol, including at CD36. Our more comprehensive AT panel assesses tissue methylation and genotypes in parallel at ∼4 and ∼3 M sites, respectively. Our study demonstrates that MCC-Seq provides comparable accuracy to alternative approaches but enables more efficient cataloguing of functional and disease-relevant epigenetic and genetic variants for large-scale EWAS.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2015. Vol. 6, artikel-id 7211
Nationell ämneskategori
Reumatologi och inflammation
Forskningsämne
Medicinsk vetenskap
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:uu:diva-253885DOI: 10.1038/ncomms8211ISI: 000355537600002PubMedID: 26021296OAI: oai:DiVA.org:uu-253885DiVA, id: diva2:816392
Tillgänglig från: 2015-06-03 Skapad: 2015-06-03 Senast uppdaterad: 2017-12-04Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(536 kB)145 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 536 kBChecksumma SHA-512
8e6a690752f639df08e21c0260c6f78eb411ff0ff21e200d9cd0edf6f97e82f03250d89369b435cf9db3afe9167269982a2878ef9fcfd4e56c7282c8fd433f9e
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Övriga länkar

Förlagets fulltextPubMed

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Tandre, KarolinaHedman, Åsa KRönnblom, Lars
Av organisationen
ReumatologiMolekylär epidemiologiScience for Life Laboratory, SciLifeLab
I samma tidskrift
Nature Communications
Reumatologi och inflammation

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 145 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

doi
pubmed
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
pubmed
urn-nbn
Totalt: 920 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf