Digitala Vetenskapliga Arkivet

Endre søk
RefereraExporteraLink to record
Permanent link

Direct link
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annet format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annet språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Ett sannolikhetsbaserat kvalitetsmått förbättrar klassificeringen av oförväntade sekvenser i in situ sekvensering
Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för biologisk grundutbildning.
Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för biologisk grundutbildning.
Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för biologisk grundutbildning.
Uppsala universitet, Teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet, Biologiska sektionen, Institutionen för biologisk grundutbildning.
Vise andre og tillknytning
2014 (svensk)Independent thesis Basic level (degree of Bachelor), 10 poäng / 15 hpOppgaveAlternativ tittel
A probability-based quality measure improves the classification of unexpected sequences in in situ sequencing (engelsk)
Abstract [sv]

In situ sekvensering är en metod som kan användas för att lokalisera differentiellt uttryck av mRNA direkt i vävnadssnitt, vilket kan ge viktiga ledtrådar om många sjukdomstillstånd. Idag förloras många av sekvenserna från in situ sekvensering på grund av det kvalitetsmått man använder för att säkerställa att sekvenser är korrekta. Det finns troligtvis möjlighet att förbättra prestandan av den nuvarande base calling-metoden eftersom att metoden är i ett tidigt utvecklingsskede. Vi har genomfört explorativ dataanalys för att undersöka förekomst av systematiska fel och korrigerat för dessa med hjälp av statistiska metoder. Vi har framförallt undersökt tre metoder för att korrigera för systematiska fel:

I) Korrektion av överblödning som sker på grund avöverlappande emissionsspektra mellan fluorescenta prober.

II) En sannolikhetsbaserad tolkningav intensitetsdata som resulterar i ett nytt kvalitetsmått och en alternativ klassificerare baseradpå övervakad inlärning.

III) En utredning om förekomst av cykelberoende effekter, exempelvisofullständig dehybridisering av fluorescenta prober.

Vi föreslår att man gör följande saker:

  • Implementerar och utvärderar det sannolikhetsbaserade kvalitetsmåttet
  • Utvecklar och implementerar den föreslagna klassificeraren
  • Genomför ytterligare experiment för att påvisa eller bestrida förekomst av ofullständigdehybridisering
Abstract [en]

In situ sequencing is a method that can be used to localize differential expression of mRNA directly in tissue sections, something that can give valuable insights to many statest of disease. Today, many of the registered sequences from in situ sequencing are lost due to a conservative quality measure used to filter out incorrect sequencing reads. There is room for improvement in the performance of the current method for base calling since the technology is in an early stage of development. We have performed exploratory data analysis to investigate occurrence of systematic errors, and corrected for these by using various statistical methods. The primary methods that have been investigated are the following:

I) Correction of emission spectra overlap resulting in spillover between channels.

II) A probability-based interpretation of intensity data, resulting in a novel quality measure and an alternative classifier based on supervised learning.

III) Analysis of occurrence of cycle dependent effects, e.g. incomplete dehybridization of fluorescent probes.

We suggest the following:

  • Implementation and evaluation of the probability-based quality measure
  • Development and implementation of the proposed classifier
  • Additional experiments to investigate the possible occurrence of incomplete dehybridization
sted, utgiver, år, opplag, sider
2014. , s. 19
Emneord [en]
fluorescence in situ sequencing, quality assurance, image analysis, signal processing, bioinformatics, molecular inversion probe, padlock probe
Emneord [sv]
in situ sekvensering, kvalitetskontroll, bildanalys, signalbehandling, bioinformatik, padlock probe, molekylär inversionsprob
HSV kategori
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:uu:diva-225999OAI: oai:DiVA.org:uu-225999DiVA, id: diva2:723316
Eksternt samarbeid
Science for Life Laboratory; Centrum för Bildanalys (Uppsala Universitet)
Utdanningsprogram
Molecular Biotechnology Engineering Programme
Veileder
Examiner
Tilgjengelig fra: 2014-06-12 Laget: 2014-06-10 Sist oppdatert: 2018-01-11bibliografisk kontrollert

Open Access i DiVA

Ett_sannolikhetsbaserat_kvalitetsmått_förbättrar_klassificeringen_av_oförväntade_sekvenser_i_in_situ_sekvensering(2221 kB)557 nedlastinger
Filinformasjon
Fil FULLTEXT01.pdfFilstørrelse 2221 kBChecksum SHA-512
851533af76e2ee3a4b2daea00b3d64a28f50d61928dbd6b8cb46975e912ecf704e87f9c987e1f4ffdcf115887c538e4022a3e17897c7c8f02895cfb405b2f948
Type fulltextMimetype application/pdf

Av organisasjonen

Søk utenfor DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 558 nedlastinger
Antall nedlastinger er summen av alle nedlastinger av alle fulltekster. Det kan for eksempel være tidligere versjoner som er ikke lenger tilgjengelige

urn-nbn

Altmetric

urn-nbn
Totalt: 2227 treff
RefereraExporteraLink to record
Permanent link

Direct link
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annet format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annet språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf