Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Identification of Differentially Expressed miRNAs and Investigation of Their Targets by Integrating mRNA Expression with miRNA Target Prediction Tools.
2011 (Engelska)Självständigt arbete på avancerad nivå (masterexamen), 20 poäng / 30 hpStudentuppsats (Examensarbete)
Abstract [en]

Tojo James

Identification of differentially expressed miRNAs and investigation of their targets by integrating mRNA expression with miRNA target prediction tools

Abstract: Recently, microRNAs have emerged as a new set of modulators of gene expression which potentially moderate various biological processes. This class of small non-coding RNA molecules control protein synthesis by targeting mRNAs at post-transcriptional level, either by translational repression or degradation. Studies have shown that dysregulated expressions of miRNAs can play a crucial role in the induction and susceptibility of various diseases. In this context, a study was initiated to investigate the contribution of miRNAs to the susceptibility of pathogenic experimental neuroinflammation. To this aim, miRNA profiles in activated lymph nodes of two inbred rat strain- one susceptible and one resistant to neuroinflammation, were compared using Illumina deep-sequencing. From the identified differentially expressed miRNAs, this study was further expanded to find their targets (mRNAs) by using miRNA target prediction algorithms. Since different miRNA target prediction algorithms use different criteria for prediction, it often results in large variations in predicted results with fair amount of false-positive targets. To understand the expression changes of the predicted targets and to improve the reliability of the miRNA target predictions, mRNA expression data was generated from the samples of the two inbred rat strains using exon-microarrays. This report describes the strategies and workflow used to identify and validate differentially expressed miRNAs from RNA-seq data, results obtained from various miRNA target prediction algorithms, their combinations and analysis of predicted targets by integrating mRNA expression levels. Functional and disease studies of the identified differentially expressed miRNA targets were also conducted and included in this report.

Abstract [sv]

Tojo James

Identifiering av differentiellt uttryckta miRNA samt granskning av dess mål-gener genom integrering av mRNA-uttryck med verktyg för förutsägelse av miRNA-mRNA interaktioner

Sammanfattning:mikroRNAer (miRNA) har på senaste tiden framstått som viktiga aktörer när det kommer till reglering av genuttryck med potentialen att påverka många olika biologiska processer. Denna klass av små icke-kodande RNA-molekyler kontrollerar proteinsyntesen genom att binda till mRNA efter transkription. Interkatione resulterar antingen i en avbruten translation eller till nedbrytning mRNA strukturen. Studier har visat att ett oreglerat uttryck av miRNA kan spela en avgörande roll för induktion och känslighet för olika sjukdomar. I detta sammanhang har en studie inletts för att undersöka miRNAers bidrag till mottaglighet av experimentell neuroinflammation i råttor. I studien jämfördes miRNA uppsättningen, med hjälp av Illumina sekvensering, i aktiverade lymfkörtlar från två olika inavlade råttor stammar, en mottaglig för och en resistent mot neuroinflammation. Efter att ha identifierat de miRNA med signifikant skilda uttryck mellan de två råttstammarna utökades studien med att försöka förutspå dess mål-gener (mRNA) genom att användandet av olika algoritmer. Då de olika algoritmerna som finns för att förutspå dessa miRNA-mRNA interaktioner använder sig av olika kriterier, resultaten ofta bli varierande och med en stor andel falskt positiva mål-gener. För att undersöka förändringar i uttryck av potentella mål-gener samt för att kunna förbättra tillförlitligheten av de förutsägelser gjorda för miRNA-mRNA interaktioner så genererades data av mRNA uttryck från samma prover med hjälp av exon-microarrays. I denna rapport beskrivs de strategier och arbetsflöden som används för att identifiera och validera de miRNA med signifikant skillnad i uttryckt från den ursprungliga RNA-sekvenserings datan. Här presenteras dessutom resultat från olika algoritmerna för förutsägelse av miRNA mål-gener, samt analys av förväntade mål-gener genom integrering av mRNA uttryck. Undersökning av potentiell påverkan på funktions och sjukdoms bilder som denna skillnad i miRNA uttryck kan orsaka är även det genomfört och inkluderat i denna rapport.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2011.
Serie
Trita-CSC-E, ISSN 1653-5715 ; 2011:117
Nationell ämneskategori
Datavetenskap (datalogi)
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:kth:diva-130717OAI: oai:DiVA.org:kth-130717DiVA: diva2:654164
Utbildningsprogram
Teknologie masterexamen - Beräknings- och systembiologi
Uppsök
teknik
Handledare
Examinatorer
Tillgänglig från: 2013-10-07 Skapad: 2013-10-07

Open Access i DiVA

Fulltext saknas

Datavetenskap (datalogi)

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar

Totalt: 448 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf