Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Selection of thrombin-binding aptamers by using computational approach for aptasensor application
University of Florence.
University of Teramo.
University of Florence.
Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, Biosensorer och Bioelektronik. Linköpings universitet, Tekniska högskolan.ORCID-id: 0000-0002-1815-9699
2011 (Engelska)Ingår i: Biosensors & bioelectronics, ISSN 0956-5663, E-ISSN 1873-4235, Vol. 26, nr 11, s. 4411-4416Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

The possibility of introducing a computationally assisted method to study aptamer-protein interaction was evaluated with the aim of streamlining the screening and selection of new aptamers. Starting from information on the 15-mer (5-GGTTGGTGTGGTTGG-3 thrombin binding aptamer (TBA), a library of mutated DNA sequences (994 elements) was generated and screened using shapegauss a shape-based scoring function from openeye software to generate computationally derived binding scores. The TBA and three other mutated oligonucleotides, selected on the basis of their binding score (best, medium, worst), were incorporated into surface plasmon resonance (SPR) biosensors. By reducing the ionic strength (binding buffer, 50 mMTrisHC1pH 7.4, 140 mM NaCl, 1 mM MgCl(2), diluted 1:50) in order to match the simulated condition, the analytical performances of the four oligonucleotide sequences were compared using signal amplitude, sensitivity (slope), linearity (R(2)) and reproducibility (CVav %). The experimental results were in agreement with the simulation findings.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
Elsevier , 2011. Vol. 26, nr 11, s. 4411-4416
Nyckelord [en]
Molecular dynamics, Thrombin, Aptamers, Binding score, Surface plasmon resonance biosensor
Nationell ämneskategori
Teknik och teknologier
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:liu:diva-70110DOI: 10.1016/j.bios.2011.04.053ISI: 000293104100025OAI: oai:DiVA.org:liu-70110DiVA, id: diva2:435543
Anmärkning
Original Publication: Alessandra Bini, Marcello Mascini, Marco Mascini and Anthony Turner, Selection of thrombin-binding aptamers by using computational approach for aptasensor application, 2011, Biosensors & bioelectronics, (26), 11, 4411-4416. http://dx.doi.org/10.1016/j.bios.2011.04.053 Copyright: Elsevier http://www.elsevier.com/ Tillgänglig från: 2011-08-19 Skapad: 2011-08-19 Senast uppdaterad: 2017-12-08

Open Access i DiVA

fulltext(619 kB)3340 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 619 kBChecksumma SHA-512
0a573ab566911e0249a4abee2638ae074ec7f5a1f1eb96254e03b0a870a4f769065e0765397a805d98add451834fe1649e4811a6d443bc16fed386f1ea7b752f
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Övriga länkar

Förlagets fulltext

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Turner, Anthony
Av organisationen
Biosensorer och BioelektronikTekniska högskolan
I samma tidskrift
Biosensors & bioelectronics
Teknik och teknologier

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 3340 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

doi
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
urn-nbn
Totalt: 426 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf