Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Whole-genome sequencing identifies complex contributions to genetic risk by variants in genes causing monogenic systemic lupus erythematosus
Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Molekylär medicin. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.
Uppsala universitet, Medicinska och farmaceutiska vetenskapsområdet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinska vetenskaper, Reumatologi. Uppsala universitet, Science for Life Laboratory, SciLifeLab.ORCID-id: 0000-0002-8454-1351
Visa övriga samt affilieringar
2019 (Engelska)Ingår i: Human Genetics, ISSN 0340-6717, E-ISSN 1432-1203, Vol. 138, nr 2, s. 141-150Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

Systemic lupus erythematosus (SLE, OMIM 152700) is a systemic autoimmune disease with a complex etiology. The mode of inheritance of the genetic risk beyond familial SLE cases is currently unknown. Additionally, the contribution of heterozygous variants in genes known to cause monogenic SLE is not fully understood. Whole-genome sequencing of DNA samples from 71 Swedish patients with SLE and their healthy biological parents was performed to investigate the general genetic risk of SLE using known SLE GWAS risk loci identified using the ImmunoChip, variants in genes associated to monogenic SLE, and the mode of inheritance of SLE risk alleles in these families. A random forest model for predicting genetic risk for SLE showed that the SLE risk variants were mainly inherited from one of the parents. In the 71 patients, we detected a significant enrichment of ultra-rare (0.1%) missense and nonsense mutations in 22 genes known to cause monogenic forms of SLE. We identified one previously reported homozygous nonsense mutation in the C1QC (Complement C1q C Chain) gene, which explains the immunodeficiency and severe SLE phenotype of that patient. We also identified seven ultra-rare, coding heterozygous variants in five genes (C1S, DNASE1L3, DNASE1, IFIH1, and RNASEH2A) involved in monogenic SLE. Our findings indicate a complex contribution to the overall genetic risk of SLE by rare variants in genes associated with monogenic forms of SLE. The rare variants were inherited from the other parent than the one who passed on the more common risk variants leading to an increased genetic burden for SLE in the child. Higher frequency SLE risk variants are mostly passed from one of the parents to the offspring affected with SLE. In contrast, the other parent, in seven cases, contributed heterozygous rare variants in genes associated with monogenic forms of SLE, suggesting a larger impact of rare variants in SLE than hitherto reported.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2019. Vol. 138, nr 2, s. 141-150
Nationell ämneskategori
Reumatologi och inflammation
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:uu:diva-378191DOI: 10.1007/s00439-018-01966-7ISI: 000458432800003PubMedID: 30707351OAI: oai:DiVA.org:uu-378191DiVA, id: diva2:1293182
Forskningsfinansiär
Knut och Alice Wallenbergs StiftelseVetenskapsrådet, D0283001Vetenskapsrådet, 2017-02000VetenskapsrådetStiftelsen Konung Gustaf V:s JubileumsfondReumatikerförbundetTillgänglig från: 2019-03-04 Skapad: 2019-03-04 Senast uppdaterad: 2019-03-04Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(1131 kB)31 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 1131 kBChecksumma SHA-512
400ffe431602984ca632ed054aa26906ebb333ac24a28ad57e870bae055bb7137ea737b304b6bc6dc7612b81865172e1ef178f8d189118ac6c20decfc4dc9b9e
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Övriga länkar

Förlagets fulltextPubMed

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Almlöf, Jonas CarlssonNystedt, SaraLeonard, DagEloranta, Maija-LeenaSjowall, ChristopherRönnblom, LarsSandling, Johanna K.Syvänen, Ann-Christine
Av organisationen
Molekylär medicinScience for Life Laboratory, SciLifeLabReumatologi
I samma tidskrift
Human Genetics
Reumatologi och inflammation

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 31 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

doi
pubmed
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
pubmed
urn-nbn
Totalt: 250 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf