Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Vertical and horizontal integration of multi-omics data with miodin
Högskolan i Skövde, Institutionen för biovetenskap. Högskolan i Skövde, Forskningscentrum för Systembiologi. (Translationell Bioinformatik)ORCID-id: 0000-0001-9242-4852
2019 (Engelska)Ingår i: BMC Bioinformatics, ISSN 1471-2105, E-ISSN 1471-2105, Vol. 20, nr 649Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

Background: Studies on multiple modalities of omics data such as transcriptomics, genomics and proteomics are growing in popularity, since they allow us to investigate complex mechanisms across molecular layers. It is widely recognized that integrative omics analysis holds the promise to unlock novel and actionable biological insights into health and disease. Integration of multi-omics data remains challenging, however, and requires combination of several software tools and extensive technical expertise to account for the properties of heterogeneous data.

Results: This paper presents the miodin R package, which provides a streamlined workflow-based syntax for multi-omics data analysis. The package allows users to perform analysis of omics data either across experiments on the same samples (vertical integration), or across studies on the same variables (horizontal integration). Workflows have been designed to promote transparent data analysis and reduce the technical expertise required to perform low-level data import and processing.

Conclusions: The miodin package is implemented in R and is freely available for use and extension under the GPL-3 license. Package source, reference documentation and user manual are available at https://gitlab.com/algoromics/miodin.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
London: BioMed Central, 2019. Vol. 20, nr 649
Nyckelord [en]
Multi-omics, Data analysis, Data integration, Transparency
Nationell ämneskategori
Biologiska vetenskaper Datavetenskap (datalogi) Bioinformatik och systembiologi
Forskningsämne
Bioinformatik
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:his:diva-18026DOI: 10.1186/s12859-019-3224-4ISI: 000511608800001PubMedID: 31823712Scopus ID: 2-s2.0-85076360669OAI: oai:DiVA.org:his-18026DiVA, id: diva2:1380928
Tillgänglig från: 2019-12-19 Skapad: 2019-12-19 Senast uppdaterad: 2020-02-20Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(1957 kB)34 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 1957 kBChecksumma SHA-512
c8e6fdd56775ced7d16095bf8f5851249d7ddce441b037c6182e7c15800ce6b53354839510f04e79090f22331776ae2fe54618062d30a2294cb127052a3d8123
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Övriga länkar

Förlagets fulltextPubMedScopushttps://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/track/pdf/10.1186/s12859-019-3224-4

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Ulfenborg, Benjamin
Av organisationen
Institutionen för biovetenskapForskningscentrum för Systembiologi
I samma tidskrift
BMC Bioinformatics
Biologiska vetenskaperDatavetenskap (datalogi)Bioinformatik och systembiologi

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 34 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

doi
pubmed
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
pubmed
urn-nbn
Totalt: 92 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf