I de stora sjöarna Vänern, Vättern, Mälaren och Hjälmaren, finns betydande förekomster av ett antal arter av sjöfåglaroch vadare. I dessa sjöar är en stor andel av den häckande populationen hos flertalet arter inom nämnda artgrupper knuten till kolonier av måsfåglar (= måsar, trutar och tärnor) som därmed är fördelaktiga att studera för att uppskatta populationer och trender. Öar med kolonier av måsfåglar eller storskarv, de så kallade fågelskären, är således nyckelbiotoper för ett antal fågelarter.

Ökad eller minskad förekomst av en fågelart i en viss del av en större sjö behöver inte betyda detsamma i andra delar av samma sjö. En inventeringsmetod speciellt anpassad för fort-löpande övervakning av fåglar på fågelskär i stora sjöar har utprovats i Vänern och sedan 1994 använts vid årlig övervakning av samtliga vänerskärgårdar. För Vänern har en metod-beskrivning tagits fram (Landgren 1997) och även utkommit i en uppdaterad version (Landgren 2004). En utvärdering av inventeringsmetodens användbarhet, bl.a. i ett Natura 2000-perspektiv, har genomförts och redovisats av Landgren & Landgren (2000). Den standardiserade fågelövervakningen ingår nu i Program för samordnad nationell miljöövervakning i Vänern från 2011 (Christensen 2000).

Med några smärre anpassningar till aktuella förhållanden har den för Vänern framtagna inventeringsmetoden även använts vid övervakning av fåglar på fågelskär i Vättern sedan 2002 och i Mälaren sedan 2005. För Mälaren har också särskilda handledningar som beskriver två möjliga kompletterande inventeringsmoment tagits fram (Pettersson 2005).

Utgående från den i Vänern, Vättern och Mälaren använda inventeringsmetoden har Naturvårdsverket 2011 fastställt undersökningstypen Fåglar på fågelskär i stora sjöar2. Undersökningstypen används nu vid fågelövervakningen i ovan nämnda sjöar, samt sedan 2015 även i Hjälmaren, inom det framtagna gemensamma delprogrammet Insjöfåglar. En extern utvärdering av det gemensamma delprogrammet har genomförts och redovisats (Green 2014).

Den av Naturvårdsverket fastställda undersökningstypen Fåglar på fågelskär i stora sjöar innehåller tre ambitionsnivåer för inventeringsarbetet. Huvudsyftet, att följa fåglars populationsutveckling och omflyttningar på fågelskär i stora sjöar, ska kunna uppfyllas genom basnivån (ambitionsnivå 1, prioritet 1). Denna handledning sammanfattar principerna för övervakningen och beskriver metoden vid inventeringsarbete enligt basnivån. Texten i huvuddokumentet är gemensam för samtliga aktuella sjöar. Däremot kan givna exempel på ifyllt inventeringsprotokoll för respektive sjöar skilja sig något, informationen i "lathunden" är sjöspecifik. Handledningen finns således i anpassade versioner för användning vid fågelövervakningen i Vänern, Vättern, Mälaren respektive Hjälmaren. På Naturvårdsverkets hemsida finns en utförlig beskrivning av undersökningstypen Fåglar på fågelskär i stora sjöar.